1、这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界,有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员,我们的主角也是其中之一。而且,他有着不输给任何人的信念这里是マサラ小镇,虽然宁静,但却非常的小,故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩,怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打FC?男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前,先从电脑里把小恢复的药(キズぐすり)拿出来。“喂,小孩,小心草丛!”主角刚想离开村子进入草丛,便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士,他可是口袋妖怪的专家。
2、“草丛里生活着口袋妖怪,你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是,博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。研究所里,博士的孙子,也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后,便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后,博士的孙子也会挑选一个,当然是克制主角属性的那一只。
3、好了,终于有了自己的小妖怪的,呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险,然而还没有走出研究所,劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”盛情难却啊,打就打吧。博士的孙子可是很厉害的,要不怎么配当劲敌呢。虽然他的小妖怪是克自己属性的,不够好在一开始没有相应属性的攻击技能,火拼应该拼的过他,再说我们还有药呢。
4、终于还是主角还是赢了,告别了博士和母亲之后,主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样,在草丛中隐匿了和多小妖怪,时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低,应该没问题。
5、快的就来到了トキワ村,虽然也是小村落,但是比故乡可是要大很多。二话不说,先到口袋妖怪中心(PC)中去恢复一下,然后就开始办正事吧。来到SHOP,看来店长已经在等主角了,他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士。赶紧回去给博士,博士也不给主角吃亏,给了主角口袋图鉴,以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手,这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁,也就是劲敌的家里,女主人会给主角地图,方便了许多。