方法一，酞丁胺具有抗病毒作用，初发者可以之涂于疣体表面，每天涂抹两三次就可以，要连着用半个月才会有效果。
方法二，因软疣小体富含有病毒，其治疗关键是去除疣体，破坏包囊。皮损数目少时，在消毒后无菌条件下，破疣体的顶端，用无菌小镊子或止血钳夹住疣体将其拔出，然后用2-2.5%碘酊滴入已挑破的囊内，同时压迫止血。因此法较为疼痛，儿童难以接受。临床操作前一般可用5%恩纳涂于疣体表面，20分钟后再挑除，操作过程中要安抚患儿情绪，分散其注意力。操作中动作要轻、快、准。
方法三，皮损数目太多或继发感染发红者，再用了上面的方法没有什么效果的，可以选择药物治疗，可以用无环鸟苷和抗生素进行治疗。
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