国家最高科技奖设立于2000年，当年获奖的是“杂交水稻之父”袁隆平和世界著名科学家吴文俊。
国家最高科学技术奖于2000年由中华人民共和国国务院设立，由国家科学技术奖励委员会负责，是中国五个国家科学技术奖中最高等级的奖项，授予在当代科学技术前沿取得重大突破或者在科学技术发展中有卓越建树的，在科学技术创新、科学技术成果转化和高技术产业化中创造巨大经济效益或者社会效益的科学技术工作者。
该奖每年评审一次，每次授予不超过两名，由国家主席亲自签署、颁发荣誉证书、奖章和800万元奖金。
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