根据《刑事诉讼法》规定，公诉案件和自诉案件的区别主要有：
(一)案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判；而自诉案件犯罪行为对社会的危害性也比较小，因而，在自诉案件中，可以适用和解、调解、撤回自诉等制度。
(三)举证责任不同。自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担；而公诉案件，收集和核对案件事实和证据以及查获犯罪嫌疑人是司法机关应尽的职责。
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