硝化菌放上1~5天水会清。硝化细菌是一种好氧细菌，能在有氧气的水中或砂砾中生长，并在氮循环水质净化过程中扮演着重要的角色。它们包括形态互异类型的一种杆菌、球菌以及螺旋型细菌，属于绝对自营性微生物的一类。硝化菌有适当的环境就能自己繁殖，但是速度很慢，开缸时为了加快速度，都会添加硝化细菌，加完后水会混浊，接着快则１天，慢则３~５天，变得异常的清澈。硝化菌将水中异营菌分解粪便及腐烂物质时所产生的，对鱼等生物有着严重毒性的氨转化为对鱼相对毒性很少的硝酸盐，而硝酸盐会被水里的植物当作肥料吸收，或者由厌氧菌转换为氮。
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