根除幽门螺杆菌 胃窦炎的症状应归属于功能性消化不良范畴，目前一般采用对幽门螺杆菌阳性的功能性消化不良行根除治疗。因此，有消化不良症状的幽门螺杆菌阳性慢性非萎缩性胃炎患者均应根除幽门螺杆菌。
内科药物治疗 慢性胃炎伴胆汁反流者可应用促动力药或有结合胆酸作用的胃黏膜保护剂。有胃黏膜糜烂、反酸、上腹痛等症状为主者，可根据病情或症状严重程度选用抗酸剂、H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂。促动力药可用于上腹饱胀、恶心或呕吐等为主要症状者。胃黏膜保护剂用于有胆汁反流、胃黏膜损害或症状明显者。抗抑郁药或抗焦虑药可用于有明显精神因素的慢性胃炎伴消化不良症状患者。上述药物除具对症治疗作用外，对胃黏膜上皮修复及炎症也可能具有一定作用。
手术治疗 如果内科药物效果不够理想，但决定手术或再次手术前应该坚持试用几个月。对返流症状严重，内科治疗无效者可考虑手术治疗。常用的手术方式为胃空肠吻合术，转流术后能完全消除肠胃返流，粘膜炎症可减轻或消失，早期症状亦显著改善，但长期随访有30%-50%患者症状复发，其原因尚不清楚。
中医疗法 中医治疗原则是降气化痰，益气和胃行气止痛。可以用仲景的旋复代赭汤本方是《伤寒论》，原治“伤寒发汗，若吐、若下、解后，心下痞硬、噫气不除者”。主治：胃气虚弱，痰浊内阻。心下痞硬，噫气不除。临床运用：胃气上逆，呕吐涎沫，嗳气。
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