内蒙古的医学院校有内蒙古医科大学和包头医学院。
内蒙古医科大学：内蒙古医科大学位于呼和浩特市，是一所以医学为主，集理学、管理学、工学、文学于一体的多科性高等医药院校，也是“卓越医生教育培养计划”试点高校、中西部高校基础能力建设工程高校。学校成立于1956年，原名内蒙古医学院，2012年3月，经教育部批准，更名为内蒙古医科大学。
包头医学院成立于1958年，是少数民族地区较早建立的普通高等医学院校之一。经过50年曲折历程，包头医学院已发展成为一所有特色有影响的区属高等学校，为内蒙古自治区经济发展、社会进步和医药卫生事业做出了积极贡献。
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