在咸丰四年1854年,大报恩寺塔被毁。关于大报恩寺被毁的原因有两种说法:
清军攻克雨花台后,太平军为防清军占据大报恩寺对城内造成威胁,太平军先下手为强,遂“用火药轰之,复挖空塔座下基地,数日塔倒,寺遭焚毁”。1856年,正逢天京之变,北王韦昌辉因为担心翼王石达开占领城外的琉璃塔,架炮攻击城内,派兵一面在塔下挖地道引爆炸药,一面用火炮直接轰击塔身,最终使琉璃塔化作一堆瓦砾,而大报恩寺的其他建筑也被由此引发的大火全部烧毁。